La Iglesia es el centro neurálgico de los monasterios. En el monasterio cisterciense era habitual que la iglesia no estuviera abierta para el culto, sino reservada a los monjes, novicios, conversos y otros encargados de realizar tareas. La iglesia no tiene bóveda, esta se derrumbó al quedarse el Monasterio abandonado después de la desamortización. En su construcción fue una bóveda octopartita, típica construcción de los monasterios castellanos. Esta formada por tres naves longitudinales y dos transversales, en forma de cruz latina. Un amplio trasepto y cabecera con capillas. Tiene grandes dimensiones mostrando el gran poder que tuvieron estos monjes durante los siglos XIV y XV.

El altar mayor de la iglesia, es dónde mejor se observan los estilos arquitectónicos en los que está construido el monasterio: todas las columnas hasta el capitel de estilo Románico y desde éste hasta que se unen los arcos de estilo Gótico. Uno de los vanos del altar tiene una celosía de estilo mudéjar, de tal forma que si levantáramos el yeso de las demás ventanas encontraríamos este estilo. Una de las características de estos monjes es que jamás destruían al construir, sino que superponían encima de las antiguas construcciones. 

Las capillas que hay a ambos lados del altar mayor o ábside central eran las capillas que los monjes utilizaban para su oración personal. 

Al lado derecho se encuentra el campanario, construido sobre trompas en forma de arcos que sobresalen en altura y así gana superficie para construir la torre (construida en ladrillo y de estilo mudéjar) Las trompas que forman la base del campanario están construidas en piedra sillar, el resto en ladrillo.

La capilla barroca fue construida en el siglo XVIII con la donación que hizo una noble de la zona. Es de suponer que la noble esta representada en la misma capilla.