Hijo del organista José Antonio Nebra. Nació en Calatayud en 1702. Famoso organista primero de la Capilla del Palacio Real de Madrid, también fue organista principal de las Descalzas y de San Jerónimo el Real. Vicemaestro de la Capilla Real de Madrid y rector del Colegio de niños cantores de la misma. En 1723 presentó en Madrid música para La vida es sueño de Calderón. Tras el incendio del Alcázar en 1734, fue encargado junto con Antonio Literes de la reorganización de la Capilla Real, a la que dotó de un nuevo repertorio. Desde 1761 fue profesor de clave del infante don Gabriel. Paralelamente compuso para los teatros, zarzuelas, óperas y autos sacramentales. En 1758 escribió un Requiem para las exequias de Bárbara de Braganza. Entre sus discípulos se cuentan Antonio Soler, para cuya Llave de la modulación escribió una introducción, y su sobrino Manuel Blasco de Nebra. Murió en Madrid en 1768.