Tras su conquista, Cubel perteneció al señorío castellano de Oña y su iglesia estuvo incluida en la relación de parroquias dependientes del arcedianado de Calatayud, según la bula expedida en 1182 por Lucio II. Perteneció a la Comunidad de Aldeas de Calatayud, sesma del río Ibdes.

El castillo se construyó en el siglo XIV por orden de Pedro IV debido a la proximidad de la frontera con Castilla, poniéndolo inmediatamente bajo la custodia de Pedro Gilbert Brun.

Poco años después, en 13576, tuvo que servir de refugio a los vecinos de Used durante una incursión castellana. Participó también en las guerras del siglo XV, por lo que tuvo que ser de nuevo fortificado, y en 1471 Juan II lo cedió a su fiel vasallo Rodrigo de Rebolledo, según Zurita.

Su destrucción pudo acaecer tras la unión de Aragón con Castilla: resultaba ya innecesario y la política de los Reyes Católicos consistió en destruir las fortalezas del señorío que pudieran suponer un peligro para la estabilidad del reino.

La iglesia de la Asunción, guarda perfectamente el perímetro que en su día conformó el castillo medieval.

Del castillo se conserva un muro muy rebajado que arranca de una imponente torre rectangular conocida como La Atalaya, cuya obra es de sillería con los lados de una longitud aproximada a los ocho por siete metros y sirve de campanario a la inmediata iglesia parroquial. Conserva algunos rasgos de su carácter militar: presenta la puerta de ingreso apuntada y situada en altura, y estrechas saeteras en sus caras. En el lado que mira hacia el tejado de la iglesia conserva las ménsulas de una buharda amatacanada, lo cual presupone que este espacio estaba vacío anteriormente.

El cuerpo superior fue construido posteriormente para alojar en él las campanas, lo que desfiguró su carácter castrense; es de ladrillo y planta cuadrangular. (Aurelio Cabañas Boyano)